Η Παναγία είναι ένα γραφικό ορεινό χωριό σε υψόμετρο 300μ. Βρίσκεται στο βορειοανατολικό τμήμα του νησιού και απέχει από το Λιμένα 8χλμ. Έγινε πρωτεύουσα του νησιού μετά την επανάσταση του 1821 και πήρε το όνομα της από το όνομα της εκκλησίας της. Οργανώθηκε τα τελευταία 300 χρόνια όταν οι κάτοικοι του Λιμένα αναγκάστηκαν λόγω της πειρατείας να εγκαταλείψουν τα παράλια και να κρυφτούν στα ορεινά. Σήμερα απαριθμεί 900 κατοίκους. Παλαιότερα είχε δικό της νόμισμα, τις μπακίρες, τις οποίες μπορείτε να δείτε στην εκκλησία του χωριού.
Η Παναγία Θάσου είναι πυκνοκατοικημένη με στενούς λιθόστρωτους δρόμους. Χαρακτηριστική είναι η αρχιτεκτονική των σπιτιών με σχιστόλιθους στη στέγη, μικρά ξύλινα μπαλκόνια, σκεπαστούς εξώστες και ξύλινη επένδυση. Το χωριό διασχίζεται από κανάλια με τρεχούμενο νερό. Περπατώντας το θα συναντήσετε πολλές βρύσες και πλατάνια!
Η εκκλησία της Παναγίας γιορτάζει στις 15 Αυγούστου και μαζί της όλο το χωριό. Οι γυναίκες του χωριού, διατηρώντας τις παραδόσεις, στον αυλόγυρο της εκκλησίας, ετοιμάζουν το κουρμπάνι, κρέας με σιτάρι, ρύζι ή πατάτες και το μοιράζουν μετά τη Θεία λειτουργία. Την Καθαρά Δευτέρα, πρώτη μέρα της σαρακοστής και τελευταία της αποκριάς διοργανώνεται μεγάλη γιορτή στους δρόμους του χωριού. Οι κάτοικοι ντυμένοι με αποκριάτικα κουστούμια παρελάζουν με άρματα σατιρίζοντας την επικαιρότητα και την πολιτική σκηνή του τόπου.