Το πιο σημαντικό αξιοθέατο της μονής του Αγίου Ιωάννη εκτός από το καθολικό της, είναι το μουσείο-σκευοφυλάκιο, που θεωρείται το μεγαλύτερο μουσείο του Αιγαίου. Εγκαινιάστηκε το 1988 στον εορτασμό των 900 χρόνων από την ίδρυση της μονής και στεγάζεται σε χώρο όπου υπήρχαν κελιά μοναχών και ο φούρνος του 11ου αιώνα, ο οποίος διατηρείται στο κέντρο του ισόγειου χώρου. Στις προθήκες του μουσείου υπάρχουν θησαυροί μεγάλης αξίας με σημαντικότερο την περγαμηνή του πορφυρού κώδικα (τέλη 5ου αρχές 6ου αιώνα): Περιεχόμενό του είναι το Κατά Μάρκον Ευαγγέλιο και είναι μια από τις πηγές του κειμένου της Καινής Διαθήκης. Το άλλο σημαντικό έκθεμα είναι το χρυσόβουλο του Αλεξίου Κομνηνού (1088) με το οποίο παραχώρησε όλο το νησί της Πάτμου στον Οσιο Χριστόδουλο.
Στο μουσείο θα δείτε επίσης: παλαίτυπα, χειρόγραφα, ασημικά, άμφια, την εικόνα του Χριστού Ελκόμενου που πιθανολογείται ότι έχει την υπογραφή του Ελ Γκρέκο, εικόνα του Ανδρέα Ρίτζου του 15ου αιώνα και την ψηφιδωτή εικόνα του Αγίου Νικολάου του 11ου αιώνα που κατά την παράδοση έφερε μαζί του ο Οσιος Χριστόδουλος από την Κωνσταντινούπολη, καθώς και άλλες εικόνες κρητικής τεχνοτροπίας. Ακόμη, αρχιερατικά άμφια, πετραχήλια και σάκους του 18ου και 19ου αιώνα, χειρόγραφα, ένα Ευαγγέλιο του 12ου αιώνα και το βιβλίο του Ιώβ του 8ου αιώνα με καταπληκτικές παραστάσεις, αντίγραφο της εικόνας με το όραμα της Αποκάλυψης του 17ου αιώνα, τον πολυέλαιο με τους δράκους της Αποκάλυψης που μεταφέρθηκε εδώ από το καθολικό, επιγραφές, κιονόκρανα, επιστήλια και άλλα σπαράγματα από το ναό της Αρτέμιδος που προϋπήρχε στο σημείο που κτίστηκε το καθολικό. Στον πρώτο όροφο έχει διατηρηθεί το παρεκκλήσι του Αγίου Κωνσταντίνου και βρίσκεται η πολυθρόνα του 18ου αιώνα που χρησιμοποιείται στην τελετή του Νιπτήρα.
